A karbonátos képzetű karsztfennsíkok vízgazdálkodása teljesen eltér a más kőzetfelépítésű területekétől. Az iskolában tanult harmados csapadékeloszlás, mely szerint a csapadék egyharmada beszivárog a talajba, egyharmad része elpárolog, és egyharmada külszíni vizek formájában távozik a területről, már nem érvényes.
A karsztra lehulló csapadék 90-95%-a elnyelődik, szinte eltűnik a sekély talajú karsztfelszín repedéseiben, hasadékaiban, hogy folytassa útját a karszt eddig ismeretlen földalatti járataiban, labirintusaiban. Ezért a fennsíkokon kevés kivételtől eltekintve nem találunk külszíni vízgyűjtőket.
A szilicei takaró kőzeteit a harmadkori tektonikai tevékenységek (gyűrődések, vetődések) megbolygatták, átrendezték, aminek következtében az úgynevezett rétegtörvény itt szó szerint a feje tetejére állt. Így kerültek a legidősebb, 250 millió éves homokkő- és agyagpalarétegek a felszínre, illetve annak közelébe, a jóval fiatalabb keletkezésű mészkőrétegek fölé.
Két ilyen, kelet-nyugati irányú kőzetsáv szakítja meg az eredetileg egységes, homogén szilicei takaró mészkőösszetételét. Az egyik a Gombaszög–Szilice–Kisfalu–Tornai-katlan, a másik pedig a Pelsőcardó–Borzova–Királykút‒Korotnok–Ménes-völgy vonalában.
A Hosszúföld–Vízállóhelyek–Grulyahegy (Fábián-szék) északi lejtőit alkotó agyagpalák itt határosak a triászkori mészkövekkel. Itt, egy vakvölgy alján alakult ki a vidék nevezetessége, a Gyökérréti-tó (sziliceiesen: Gyükerrét). A völgy aljzatát, déli és nyugati vízgyűjtőjét vízzáró agyagpalák alkotják. A Vak-völgy északi része már mezozoós felépítésű és éppen ezért itt található a tó úgynevezett túlfolyója, víznyelője, szádája, amely hóolvadáskor és nyári záporokkor elvezette a tóból a többletvizet. A tó vízszintje ilyen önszabályozó rendszerrel működött. A tó és a vízgyűjtő terület között a helybeliek két rakott kutat mélyítettek, amelyekből gémes emelőkkel húzták ki a vizet a többszintes építésű favályúkba. Ilyen állandó és bővizű itatóhely sehol másutt nem volt a karszt fennsíkjain.
A tó vízfelülete körülbelül két hektár, legnagyobb mélysége két méter volt. A mindenkori éghajlatváltozásoktól függően ezek a méretek változtak, hiszen a tó vízkészlete mindig függött az egyedüli vízutánpótlástól, azaz a csapadéktól.
A szilicei emberek állattartása szinte teljesen a karszttó vízellátásától függött. A nagy kiterjedésű, táplálékban dús legelőkön több száz fejőstehén, növendéküsző (kisgulya, nagygulya) juhnyáj, ménes legelt, amelyek itatása javarészben a gémeskutakból történt.
Idővel a sok állat itatásával járó talajerózió, vízszennyezés, illetve a vízgyűjtő terület intenzív művelése megbolygatta a tó vízellátását mennyiségi és minőségi szempontból is. A vízgyűjtőbe kerülő állati szerves anyagok (vizelet, ürülék), de leginkább a termesztett növénykultúrák vegyszeres kezelése útján a tóba jutott kémiai anyagok felborították a tó vízminőségét.
A karszttavak vesztét főként a tó feltöltődése okozza, amely különben természetes folyamat, de a Gyökérréti-tó esetében a sok állat itatásával és a környék mezőgazdasági művelésével (szántásával) ez a folyamat felgyorsult.
A nitrogénben feldúsult part menti övezetben egyre inkább terjedt a növényzet. Emellett a tóra időszakosan járó, átvonuló vízimadarak közvetítésével több vízinövény is megtelepedett. A partszegélyt lassan benőtte a gyékény, szittyó, hídőr. A burjánzó vízi növényzet sok vizet párologtatott el, növelve az állattartással járó vízszintcsökkenést. A szerves anyagok koncentrációjának a növekedése felborította a tó oxigénellátását. Beindultak az anaerob (oxigén nélküli) vegyi folyamatok, ami a tó vizének posványosodásával (eutrofizációjával) jár. Végül a még meglévő szabad vízfelületet benőtte a békaszőlő, majd a parti sávban megjelentek a füzek és egyéb fás növények. A tó vízgazdálkodására negatívan ható tényezők összessége eredményezte, hogy vízszintje rohamosan csökkent, majd teljesen kiszáradt.
Ezzel megpecsételődött a tó sorsa és Közép-Európa egyik csodálatos karsztképződménye odaveszett.
Voltak ugyan próbálkozások, kezdeményezések a tó megmentésére, jártak itt kutatók még a tengeren túlról is, Szilice község és a szövetkezet, valamint a halászszövetség is felajánlotta a segítségét, ám a sok bába között valahogy elveszett a gyerek.
Történt mindez annak ellenére, hogy a tó visszaállítása lehetséges lenne, hiszen a geológiai és vízügyi viszonyok nem sokat változtak létezése óta (a két gémeskútban mindig van állandó vízszint). El kellene távolítani a tó immár egy-két méteres talajfeltöltődését, és a nemkívánatos növényzetet, vegetációt. Iskolapélda erre az Aggteleki Nemzeti Parkban a Vörös-tó esete. Ehhez természetesen akarat kellene az illetékesek részéről, de ez egyenlőre sajnos hiányzik.
