Már 1991 óta minden hónap hatodik napján az országos engesztelő Mindszenty-zarándoklat keretében Esztergomban imádkoznak Mindszenty bíboros boldoggá avatásáért, Magyarországért és a világ magyarságáért, ahová a Felvidékről is érkeznek zarándokok.
„Ha lesz egymillió imádkozó magyar, nem félek a jövőtől ” – így szól az egyik legismertebb üzenet, melyben Mindszenty bíboros, Magyarország hercegprímása ránk testált hagyatékában imára buzdítja nemzetét.
Regőczi István atya (az „Isten vándora”) kezdeményezésére és vezetésével, egészen 2013-ban bekövetkezett haláláig, 26 éven át minden hónap hatodik napján 8,30 órakor a bazilika altemplomában imádkoztak Mindszenty bíborosért és a magyar nemzetért, a dátummal utalva a bíboros halálának napjára (1975. május 6.).
Mindszenty József bíboros földi maradványait 1991. május 3-án hozták haza Mariazellből az esztergomi bazilika kriptájába. Regőczi István címzetes prépost, börtönévei után a Svábhegyen található 17. századi Kútvölgyi-kápolna újjáépítője, a kápolna hátsó kis kerengőjében még aznap este megáldotta azt a keresztutat, mely Krisztus szenvedéseit követve a bíboros szenvedéseit és a magyarság tragédiáját idézi.
A Kútvölgyi Boldogasszony-kápolna az újjáépítés után a Magyarság engesztelő kápolnája néven várta és a mai napig várja a zarándokokat. 1998-ban felépült mellette a „Táborhegyen” a zarándokház, ahol megtalálható a Mindszenty-emlékszoba, melynek anyagát Regőczi atya gyűjtötte össze és gondozta segítőjével, Beatrix Van den Borre FSO nővérrel. A zarándokház kertjében van eltemetve Regőczi István, számos könyv szerzője, több templom és árvaház alapítója, akit elhivatott, fáradhatatlan munkásságáért 2008-ban Magyar Örökség díjjal, majd 2010-ben a Parma Fidei (Hit Pajzsa) díjjal tüntettek ki.
Halála után a mai napig a belga származású nővér szervezésében folytatódik a Mindszenty-zarándoklat és engesztelő szentmise az esztergomi bazilika Szent István vértanú szentségi kápolnájában, ahol a 85 esztendős Hegedűs László pápai káplán celebrálja a szentmisét. Minden alkalommal részt vesznek a Kútvölgyi-kápolna küldöttei Beatrix nővér vezetésével, az esztergomi hívek és a környező falvakból érkezettek, de a Duna túlpartjáról is jönnek, így Párkányból, Kőhídgyarmatról, Szőgyénből, Kürtről, hogy együtt imádkozzanak a bíboros boldoggá avatásáért.
A Mindszenty-litánia elimádkozása után az altemplomban fohászkodnak a bíboros sírjánál elhelyezett emléktáblánál és mécsesek gyúlnak engesztelésül. „Már hivatalosan is az illetékes vatikáni kongregációnál van az írásbeli összefoglalás és javaslat, vagyis az úgynevezett pozíció Mindszenty József boldoggá avatásáért” – mondta Erdő Péter bíboros prímás a Kossuth Rádió május 5-én reggel sugárzott 180 perc című műsorában, a Mindszenty-emlékmise kapcsán.
Esztergomban 26 éve működik a Mindszenty József Általános Iskola, az a katolikus pedagógiai intézet, ahol Bosco Szent János nevelési módszere szerint oktatnak. Az iskola udvarán Mindszenty bíboros kitárt karú bronzszobra vigyázza a gyermekeket.
Mindszenty bíboros halálának 40. évfordulója alkalmából 2015-ben szabadtéri szobrot avattak a bazilika alatti Sötétkapunál. A főpap bronzszobrának felirata az utókornak szóló egyik üzenete: „Imádkozom a szeretet és a béke világáért.”