Ján Sokol, a volt Pozsony-Nagyszombati Érsekség teljhatalmú egyházi vezetője több millió koronával nem számolt el működésének idején – derült ki a mostani érsek, Róbert Bezák által indított könyvvizsgálatok során.
Pontos számokról nem nyilatkozott az új érsek, aki Ján Sokolt váltotta Nagyszombatban. Sokol úgy nyilatkozott, hogy az el nem könyvelt pénzek valójában a külföldön tanuló kispapok, valamint a plébániák és templomok felújítására szánt pénzek, amelyek huszonegy év alatt halmozódtak fel. Bezák érsek tudatlanságról beszél, szerinte Sokolnak nem lett volna szabad egyedül döntenie a pénzügyekről, hiszen nem rendelkezik megfelelő közgazdasági végzettséggel. A Nagyszombati Főegyházmegye érseke az esetről a Vatikánt is tájékoztatta.

Ján Sokol érsek neve nem ismeretlen a felvidéki magyarság körében sem. Előszeretettel helyezte át a plébánosokat, többeket több száz kilométerre a szülőhelyüktől. A magyar hívek felé mostohául viseltetett, hiszen állandóan azon a véleményen volt, hogy nem szükséges magyar püspök a magyaroknak. A dunaszerdahelyi új, Makovecz Imre által tervezett katolikus templom tervét többször is elutasította, kiigazításokat kért. A Komáromi Imanapokra szívesen eljárt, de a magyar katolikusok által írt memorandumot 2001-ben nem vette át, ezért a hívek a szó szoros értelmében kifütyülték az érseket. Az egyházmegye papjai is ismerték Sokolt. A hozzá hűségeseket kitüntette és a leggazdagabb plébániákra helyezte, ahol sokszor csak egy egyházközséggel kellett foglalkozniuk, némelyeket pedig olyan szegény helyre helyezett, ahol három vagy négy plébánia teendőit is muszáj volt ellátniuk.
Ján Sokol neve az ügynöklistán is szerepel, és olyan dokumentumok is napvilágot láttak, miszerint pénzt fogadott el a rendőri szervektől munkájáért. Sokol előszeretetten tetszelgett a szlovák nacionalisták által dicsőített Jozef Tiso által rendezett megemlékezéseken, és hű hazafiként szónokolt az egyházi rendezvényeken is.

Felvidék Ma