A császári csapatok 1849. augusztus 19-én közelítették meg Komáromot, s az egyik ellenséges seregtest parancsnoka – hivatkozván a világosi fegyverletételre – követelte a vár feladását. Ezt a komáromi haditanács elutasította, másnap pedig Nyikolaj Vasziljevics Iszakov orosz alezredes próbálkozott a felszólítás megismétlésével.
Erre is nemleges válasz érkezett, csupán annyi eredményt hozott, hogy augusztus 21-én kétheti fegyverszünet lépett életbe. Ezen idő alatt Klapka küldötteinek Nagyváradon és Aradon nyílott lehetősége arra, hogy bizonyosságot szerezzenek a magyar fősereg fegyverletételéről, s a fegyverszünet alatt a császáriak nem vették ostromzár alá Komáromot. Ezután vette kezdetét a szeptember 23-ig tartó, kötélhúzáshoz hasonlatos alkudozás, amelynek során mindkét fél ragaszkodott álláspontjához.
Komáromba szeptember 1-jén tértek vissza a küldöttek, s a haditanács ekkor fogalmazta meg első ízben a vár feladásának feltételeit, melyekről Szeremlei Samu a következőket írta: „Az őrség (…) 11 pontot állapit meg, melyek közül a négy első, mint az egész hont érdeklő, a következő kikötéseket tesz: Adassék általános közbocsánat az országnak s az összes magyar hadseregnek, a nemzeti pénzjegyek értékesithessenek, és mind azon honfiak, kik külföldre akarnak utazni, utlevelekkel láttassanak el. E pontok Csorichnak s alkalmazkodás végett Péter-Váradra is elküldtetnek.” A feltételek többi pontjai a következők voltak: „5. Komárom őrségének szabad elvonulása, mely katonai dísszel történik. 6. tiszteknek egyhavi illeték, a legénységnek 10 napi zsold, még pedig bel- és külföldön egyaránt teljes értékű pénznemben. 7. A magántulajdon megtarthatása mindenki által. 8. Ezen megadási feltételek jóváhagyott példányainak 8 nap alatti, tehát 1849. szeptember 8-ig történő kicserélése. 9. Komárom városa és lakosai számára teljes feledés és semminemű politikai üldözés, továbbá a vár kormányzósága által kibocsátott minden papírpénz beváltása. 10. Kártalanítása mindazoknak, akik a komáromi várparancsnoksággal szerződést kötöttek.”
Szeptember 2-án lejárt a fegyverszünet, és szeptember 6-ig a császári-királyi csapatok ostromzár alá vették az erődöt. Beérkezett erősítésül a gróf Gilbert Laval Nugent von Westmeath táborszernagy vezette császári II. tartalék hadtest, miáltal az ostromlók száma 44.000 katonára és 154 lövegre emelkedett. Pár nappal később Pjotr Hrisztoforovics Grabbe orosz altábornagy hadosztálya (10.000 katona, 56 löveg) is megérkezett, amely a Vág-hídfővel szemben képezett ostromzárat. Ekkor történt, hogy „Nugent altábornagy [sic!], ki a komáromi zárlatparancsnokságot e napon átveszi, felmondja a várnak a fegyverszünetet s egyuttal Haynau cs. fővezér aug. 26. [helyesen: 31-i] levelét közli Klapkával, melyben a várparancsnok óva intetik, nehogy az oroszok előtt hódoljon, mi az őrségnek csak kárára válnék, mig hogy ha a vár az osztrákoknak föltétlenül megnyitja kapuit, ezen esetben Klapka a maga személyére nézve számithat Haynau »nagylelküségére.« Az őrség e levélre kinyilatkoztatja, hogy Csorich tábornokkal már megkezdte az alkudozást, föltétlen megadásról szó nem lehet.”
Klapka szeptember 5-én és 10-én kisebb kötelékekkel hajtott végre erőszakos felderítéseket, így meggyőződhetett arról, hogy Komáromot valóban jelentős erők zárták körül. Pétervárad feladását követően szeptember 11-én Haynau felszólította Klapkát a feltétel nélküli megadásra, melyre a haditanács megkérdezését követően, másnap Klapka azt válaszolta, hogy „Komárom szilárdul el van határozva, hogy inkább az utolsó emberig tartja magát, semhogy becsületteljes feltételek nélkül feltétlenül megadja magát.”
Szeptember 14-én kibővített haditanács gyűlt egybe, ahol döntöttek arról, hogy feltételeik közül elhagyják a politikai jellegűeket. Másnap Klapka levélben tájékoztatta Nugentet a haditanács döntéséről, s egyben felajánlotta, hogy az erődben fogva tartott hatszáz, beteg császári katonát hajlandó szabadon bocsátani. Ezen gesztust megköszönte az ostromlók parancsnoka. Klapka szeptember 16-án ismét haditanácsot hívott egybe, melynek Thaly Zsigmond alezredes volt az egyik főszereplője, aki a tárgyalások leállítását szorgalmazta és az ellenséggel való lepaktálással vádolta meg Klapkát.
Ezt követően szeptember 16-tól szüneteltek a tárgyalások, majd szeptember 19-én megérkezett a császári felhatalmazás Nugent számára, aki a Bécsből kapott utasítások értelmében közölte Klapkával, hogy a várőrség politikai jellegű pontjait kérelmezze az uralkodónál, s a további alkudozások katonai alapon történjenek. Nugent Bécs feltételeit közvetítette: a legénység őrmestertől lefelé, s azok, akik a császári-királyi hadseregből léptek át és a honvédseregben nyertek tiszti rangot, továbbá azon tisztek, akik 1848 előtt nem szolgáltak a császári ármádiában, teljes amnesztiát kapnak. A volt császári tiszteknek dönteniük kell: hadbíróság előtt felelnek tetteikért, avagy 10-12 napon belül elhagyják a birodalom területét. Erről 48 órán belül kellett dönteniük Klapkáéknak.
Aznap nem, de szeptember 20-án a kibővített haditanács döntött arról, hogy a megadás feltételei közül kiveszik az általános amnesztiára, a Kossuth-bankók beváltására vonatkozó pontokat. Katonai kérdésekben úgy határoztak, hogy az őrség szabadon, fegyverek nélkül elvonulhat, a tisztek pedig megtarthatják kardjaikat. A volt császári tisztek útlevéllel távozhatnak külhonba avagy hazatérhetnek, de jelentkezniük kell a hatóságoknál. Akik 1848 előtt nem szolgáltak a császári hadseregben, de honvédtisztekké avanzsáltak, szabadon távozhatnak és nem sorozhatják be őket a győztesek, csakúgy, mint a korábbi császári ezredek legénységét. Útlevelet minden igénylő kaphat, a tiszteket egyhavi illetmény, a legénységet 10 napi zsold illeti meg. A császári kincstár 500.000 pengő forintot megtérít az őrség hadi-bankutalványaiból. Az erődben lévő rokkantak, betegek és sebesültek ellátásban részesülnek. Az ingó és ingatlan vagyonok nem koboztatnak el. A fegyverletétel helye és ideje utólagosan lesz kitűzve. Az ellenségeskedést azonnal be kell szüntetni, s az erőd hadi szokás szerint ratifikáció útján kerül átadásra.
Szeptember 21-én Nugent Klapka tudomására hozta, hogy a vár átadása esetén nyugdíjat biztosítanak számára, amelyből külföldön háborítatlanul megélhet, s csupán a császár által megállapított feltételeket tudja elfogadni. Szeptember 23-án újabb követek érkeztek Klapka tábornokhoz, s egyikük „tudatja Klapkával, hogy az őrségnek a nemzetet illető kérelmét személyesen átnyujtá a Fölségnek, s biztositja az őrséget, hogy »ámbár az országot illetőleg végleges rendszabályok még nem hozattak, mindazáltal az iránt, mint szintén a fogoly magyar katonák ügyében is, bizvást a legjobb reményeket táplálhatni.« A követ Nugent számára is hozott utasitásokat Bécsből, melyek szerint épen nem várhatni, hogy a szept. 20. pontok, főkép a huszárok és a sorkatonaság szabadon bocsátása, helybenhagyást nyerhessenek.” Erre Komáromban újabb haditanácsot hívtak össze, amely kijelentette: nem enged a feltételekből, s ha azokat nem teljesítik, az őrség ellenáll és az utolsó emberig ki fog tartani. Klapka tábornok ekkor ekkor megesküdött, hogy „mi, az utolsó haditanácsban kimondott elvekhez híven, mint magyarok s katonák becsületünkre hivatkozva a várat az utolsó emberig védelmezni fogjuk.”
Ekkor a további tárgyalásoknak vége szakadt, melyet Klapka tábornok szeptember 25-én drámai hangvételű napiparancsban tudatott a védőkkel: „A megegyezés útja, melyen mi a hazának – nem magunknak – nem! csak a szegény elvérzett hazának szolgálni akartunk, most már el van vágva, mert a részünkről kikötött követelések visszautasíttattak, e szerint kényszerítve vagyunk a már kialvóban volt harczot újból folytatni életre halálra, hogy vagy legdrágább kincsünket, fegyvereink becsületét megmentsük vagy férfiasan dicsteljes halált haljunk a hazáért. Bajtársak! Mi egyedül önmagunkra vagyunk utalva; segítség és szabadulás csakis tőlünk, egyetértésünktől és együttműködésünktől várható. Jaj annak, aki ezt szétrombolni akarná!”
Klapka György tábornok a következőkben emlékezett meg a fentebb leírt eseményekről: „A várban és táborban erre [mármint az ellenség közeledtére] nyüzsgő élet kezdett uralkodni. Azok a csapatok, melyek a fegyverszünet alatt a bal part közeli faluiban tanyáztak, ismét visszavonattak a várba; a védműveket még erősebben megszállottuk, mint azelőtt, kettőzött előörsöt állítottunk ki; s a még mindig befejezetlen monostori sáncművek felállítását megfeszített erővel és buzgalommal folytattuk. A csapatok föladatuk teljes tudatában folyton szolgálatban voltak. Ismervén a szomorú helyzetet, mely Aradon és Temesvárott fogva levő bajtársainknak jutott osztályrészül, el voltak szánva magukat inkább a legvégsőig védelmezni, semhogy a várat föltétlenül vagy egyéb szégyenletes feltételek alatt feladják.
Mellőzöm most a köztem és a körülzáró sereg parancsnoka között folyt alkudozás részleteit. Csorich után gróf Nugent következett, míg végre Haynau maga vette át az ostrom vezetését. A Duna jobb partján és a Csallóközben az osztrákok – a bal parton pedig Grabbe orosz csapatai által voltam körülzárolva.
Legfőbb gondom az volt, hogy a parlamenterekkel soha személyesen és egyedül ne találkozzam, és a tárgyalásokat mindig a haditanács végzéseinek értelmében és úgy vezessem, hogy senki előtt ne legyen az titok. Ennek dacára azonban a haditanácsban ellenzék alakult, amely alkudozásokról mit sem akart hallani, avagy olyan föltételeket szabott, amelyek teljesen elérhetetlenek voltak.
Pétervárad eleste után nem lehetett az eredetileg megszabott föltételeket tovább fenntartani, és a haditanács naponként súlyosbodó helyzetünk tudatában elhatározta végre, hogy azokat enyhítendi, mindazonáltal tisztességes és becsületes kapituláció nélkül a várat semmi szín alatt fel nem adja.
Az ellenség izgatásaival egyidejűleg ellenséges emisszáriusok is lopóztak a várba, akik a csapatokat felbujtogatták s arra igyekeztek rábírni, hogy mondják föl az engedelmességet följebbvalóiknak. Én, hogy a szökéseknek és lázongásnak elejét vegyem, kényszerítve láttam magamat kegyetlen és elrettentő büntetéseket szabni. Ez volt a legnehezebb kötelességem egész hadjáratunk alatt! Nem is mulasztották el gyilkosokat bérelni ellenem, akiknek egyike szobámban tetten éretve, gyalázatos szándékáért halállal lakolt, a másik azonban ép bőrrel kijutott a várból. [Fejérhegyesi-Weissenberger Mihály osztrák kém eredetileg Kossuth meggyilkolására vállalkozott, de aztán beérte Klapka tábornok személyével. Balul sült kísérletét követően, 1849. szeptember 10-én Komáromban agyonlőtték. A másik személy kiléte ismeretlen, csupán annyit lehet róla tudni, hogy Világosról menekült huszárnak adta ki magát, aztán eltűnt.]
Így teltek az utolsó hetek Komáromban! Az ellenség folytatta ajánlattételeit, amelyeket mi mindannyiszor azon határozott kijelentéssel utasítottunk vissza, hogy inkább a vár romjai alá temetkezünk, mintsem annak tisztességtelen föladásához beleegyezésünkkel járuljunk.”
