Egyházi szertartás keretében helyezték végső nyugalomra Esterházy János felvidéki mártír politikus hamvait az alsóbodoki Szent Kereszt Felmagasztalása-kápolnában. A kegyeleti megemlékezésre Esterházy János halálának 60., halálra ítélésének 70. évfordulóján került sor. A kegyeleti megemlékezésen jelen volt Esterházy János lánya, Esterházy-Malfatti Alíz, unokája, Esterházy-Malfatti Giovanni, a lengyelországi rokonság, szlovákiai, csehországi és lengyelországi tisztelők, számos egyházi és közéleti személyiség.
Tiszteletét tette többek közt Szilágyi Péter, a magyar kormány nemzetpolitikáért felelős helyettes államtitkára, Pető Tibor, Magyarország pozsonyi nagykövete, Szabó József, Magyarország Pozsonyi Nagykövetségének tanácsosa, Halzl József, a Rákóczi Szövetség elnöke és Csáky Csongor, a szövetség főtitkára, Martényi Árpád, az Esterházy Emlékbizottság elnöke, Rákóczi Anna, a Cseh- és Morvaországi Magyarok Szövetségének elnöke, Smuk András, a bécsi Európa-Club elnöke. Az ünnepségen részt vett továbbá Menyhárt József, az MKP országos elnöke, Őry Péter, az MKP Országos Tanácsának elnöke, Gubík László, a Via Nova ICS elnöke, Bárdos Gyula, a Csemadok országos elnöke, Duray Miklós, a Szövetség a Közös Célokért elnöke és Pogány Erzsébet, a Szövetség a Közös Célokért igazgatója, valamint számos civil szervezet képviselője, a Szent György Lovagrend tagjai Cseke László kancellár vezetésével, a Máltai Lovagrend képviselői, a komáromi Szekeresgazda Hagyományos Egyesület Farkas Gáspár elnök vezetésével.
A rendezvény a kora délutáni órákban kezdődött a Kálvária-téren, ünnepélyes megemlékezéssel és előadásokkal. Az emlékhelyre érkező Esterházy Jánosért felajánlott országos maratoni futás résztvevői elhelyezték az általuk hozott zarándokkeresztet és átadták a futás során összegyűjtött föld-ajándékot is.
Az előadások sorát a Ghymesi Igricek nyitották meg a Tízparancsolat ősi zenéjével. Nagy Ferenc előadóművész a szervezőbizottság által kiadott, Esterházy János életútját és munkásságát ismertető kommünikét olvasta fel, majd Koncsol László Csontok című verse hangzott el, Dráfi Mátyás színművész tolmácsolásában. Boráros Imre A hantjával sem takar monodrámából Esterházy János búcsúját adta elő, majd Jónás Csaba versmondó Wass Albert Bujdosó című versével folytatódott a műsor. A Reiter Duó, idősebb és ifjabb Reiter István, Pozsonyban élő hegedűművészek a „Vea Victis” duó két hegedűre, Esterházy János tiszteletére írt zsoltárának részletét adták elő. Károly Frigyes kurátor, a szombathelyi ELTE Bolyai János Gyakorló Általános Iskola és Gimnázium nyugalmazott igazgatója az emlékmúzeumot és a „Sem gyűlölettel, sem erőszakkal…” gondolat jegyében született kiállítást mutatta be a közönségnek.
A kegyeleti megemlékezés során a Szombathelyi Erkel Kórus és a zoboralji hagyományőrzők is közreműködtek.
Az egyházi szertartásnak helyet adó szabadtéri oltárhoz a történelmi- és díszzászlók sora előtt vonultak be az egyházi személyiségek. A szentmise főcelebránsa Marek Jędraszewski krakkói érsek volt, koncelebrálva František Rábek szlovák tábori püspökkel, Bíró László magyar tábori püspökkel és Ďurčo Zoltán nyitrai püspöki helynökkel. Velük együtt több szlovákiai magyar pap is közreműködött a misén. A prédikációt Bíró László tábori püspök mondta, aki méltatta Esterházy János életútját, rámutatott arra, hogy Esterházy elveihez hűen, a nemzetért vállalta a 12 év szenvedést a börtönökben.
Az egyházi szertartás végén következtek a közéleti személyiségek emlékbeszédei. Elsőként Kövér Lászlónak, a rendezvény védnökének levelét olvasta fel Pető Tibor, Magyarország pozsonyi nagykövete, mivel a házelnök betegség miatt kénytelen volt a részvételt lemondani. Kövér László üzenetében elhangzott: A halálra gyötört politikus sorsa nemcsak egy tragikus jelképe a magyarok számára vesztes XX. századnak, hanem jelképe annak a XX. századi közép-európai sorsnak is, amely az Istenben és az emberi szabadságban, a nemzeti hűségben és a nemzetek közötti egymásrautaltságban keresett menedéket. Közép-Európa népei egymás mellett élését meghatározó történelemértelmezésnek a XIX. századtól mindmáig „a te hősöd az én ellenségem” volt az irányadó szabálya, amelyet csak kivételes történelmi pillanatokban írt felül a testvériség érzése.
A házelnök hangsúlyozta: Az édesanyja révén Lengyelországhoz is kötődő arisztokratánál – aki nemcsak magyar népét, de egész közéleti pályafutása során Csehszlovákiában, Szlovákiában és Magyarországon egyaránt a keresztény európai értékeket képviselte – közös történelmünkben aligha találhatnánk méltóbb személyiséget arra, hogy közös hősünket, az emberi méltóság és szabadság közös mártírját lássuk benne.
A mártír politikus hamvainak végső nyugalomra helyezése alkalmából Németh Zsolt, a magyar országgyűlés külügyi bizottságának elnöke ünnepi beszédében Esterházyról, a szlovákok és magyarok testvérközösségét valló politikusról szólt a közönséghez.
Esterházy-Malfatti Giovanni, a mártír gróf unokája, aki elkísérte édesanyját az ünnepségre, a család nevében köszönetét fejezte ki Paulisz Boldizsárnak, az Esterházy zarándokhely létrehozójának. Jaroslaw Szarek államtitkár, a Lengyel Nemzeti Emlékezet Intézetének elnökének levelét Dariusz Rogut, az intézet igazgatója olvasta fel. Emlékezetes beszédet mondott Dagmar Babčanová, Szlovákia volt vatikáni nagykövete és felszólalt František Lízna morvaországi jezsuita szerzetes is. Erdélyi Géza, nyugalmazott református püspök levélben fejezte ki örömét afelett, hogy a mártír politikus hamvai hazatértek a szülőföldre.
Az ünnepélyes szentmisét és emlékbeszédeket követően népviseletbe öltözött helyiek és a szentmisét celebráló főpapok és plébánosok kísérték végső helyére az urnát, az új kápolnához. A prágai motoli temetőből származó, az Esterházy család által felajánlott hamvakat a kápolna felszentelése után helyezték el a sziklabarlangban. A kegyelet virágainak és koszorúinak elhelyezését követően lehetőség nyílott egyéni tiszteletadásra is a sziklabarlangban.
A Szlovákiában és Csehországban élő magyar közösség mindig is a saját mártírjaként tekintett Esterházy Jánosra. Napjainkban mintegy 25 emlékhely hirdeti e közösség tiszteletét Esterházy életműve és áldozathozatala iránt.