Szlovákia schengeni csatlakozásának részeként 2008. március 30. után a repülőtereken is megszűnik a személyforgalom-ellenőrzés az övezeten belül közlekedő utasok számára. A nem schengeni utasok esetében azonban megmarad a szigorú útiokmány-ellenőrzés. A schengeni szabályozás értelmében minden schengeni ország repülőterén fizikailag el kell különíteni az ún. belső és külső járatokat. Belső járatnak minősül minden olyan járat, amely schengeni tagállamból schengeni tagállamba repül anélkül, hogy nem schengeni tagországban megszakítaná útját. Külső járat minden olyan járat, ami nem schengeni országból schengeni tagállamba érkezik, vagy schengeni országból indul nem schengeni országba. (Fontos megjegyezni, hogy míg az EU-tagállamok közül Egyesült Királyság és Írország nem schengeni tagállam, Ciprus, Bulgária és Románia pedig csak később csatlakozhat a térséghez, addig Norvégia és Izland részese az egyezménynek, így a könnyített utazás utóbbi két országra is vonatkozik.)
A belső járatoknál ezután megszűnik a személyforgalom-ellenőrzés, vagyis útlevélkezelés nélkül bejuthatunk a géphez, illetve a repülőtér érkezési várójáig. Az utasbiztonsági ellenőrzés – vagyis poggyászok és személyek átvilágítása – ugyanakkor változatlan marad, ez ugyanis az utasok és a repülőgép biztonságát szolgálja és nem beutazási szabály.
A külső járatok esetében továbbra is megmarad a személyellenőrzés (ún. határforgalom-ellenőrzés) méghozzá akkor, amikor a schengeni repülőtérre megérkezik a gép, illetve mielőtt a schengeni repülőtérről induló gépbe beszállnánk. A szigor indokolt: azok, akik itt bebocsátást nyernek az országba, szabadon mozoghatnak a schengeni övezet egész területén, Lisszabontól Záhonyig.
EUvonal, FelvidékMa